Zgadzam się Nasza strona zapisuje niewielkie pliki tekstowe, nazywane ciasteczkami (ang. cookies) na Twoim urządzeniu w celu lepszego dostosowania treści oraz dla celów statystycznych. Możesz wyłączyć możliwość ich zapisu, zmieniając ustawienia Twojej przeglądarki. Korzystanie z naszej strony bez zmiany ustawień oznacza zgodę na przechowywanie cookies w Twoim urządzeniu.
RepeatMasker is a program that screens DNA sequences for interspersed repeats and low complexity DNA sequences
Status: Aplikacja dostępna w ofercie, bez kontroli poprawności działania – nietestowana. Aplikacja ma przydzielonego opiekuna.
Nazwa modułu: plgrid/apps/repeatmasker
Stan aplikacji: Dostępna
Testowana: Nie
Data wprowadzenia do oferty: 1 grudnia 2014
Dziedziny: Sekwencjonowanie DNA
Adres strony: http://www.repeatmasker.org/
Opiekun: Tak
| Wersja | Szczegóły | Status |
|---|---|---|
| 4.0.5 | Moduł: plgrid/apps/repeatmasker/4.0.5 |
RepeatMasker is a program that screens DNA sequences for interspersed repeats and low complexity DNA sequences. The output of the program is a detailed annotation of the repeats that are present in the query sequence as well as a modified version of the query sequence in which all the annotated repeats have been masked (default: replaced by Ns). Currently over 56% of human genomic sequence is identified and masked by the program. Sequence comparisons in RepeatMasker are performed by one of several popular search engines including nhmmer, cross_match, ABBlast/WUBlast, RMBlast and Decypher. RepeatMasker makes use of curated libraries of repeats and currently supports Dfam ( profile HMM library derived from Repbase sequences ) and Repbase, a service of the Genetic Information Research Institute.