Zgadzam się Nasza strona zapisuje niewielkie pliki tekstowe, nazywane ciasteczkami (ang. cookies) na Twoim urządzeniu w celu lepszego dostosowania treści oraz dla celów statystycznych. Możesz wyłączyć możliwość ich zapisu, zmieniając ustawienia Twojej przeglądarki. Korzystanie z naszej strony bez zmiany ustawień oznacza zgodę na przechowywanie cookies w Twoim urządzeniu.
Platanus jest całkowicie od nowa opracowanym asemblerem genomowym dla danych dużej przepustowości sekwencji (illumina), zaprojektowany do asemblacji klas genomu rzędu GB (w rozmiarze danych). Charakterystyczną cechą aplikacji jest zdolność zarządzania wysoko-heterozygotycznymi próbkami. Platanus składa fragmenty DNA w ciągłe sekwencje (contigs) konstruując grafy de Bruijna wraz z wielokrotnymi rozmiarami k-mer.
Status: Aplikacja dostępna w ofercie, bez kontroli poprawności działania – nietestowana. Aplikacja ma przydzielonego opiekuna.
Nazwa modułu: plgrid/apps/platanus
Stan aplikacji: Dostępna
Testowana: Nie
Data wprowadzenia do oferty: 1 grudnia 2014
Dziedziny: Bioinformatyka, Biologia Molekularna, Genetyka, Sekwencjonowanie DNA
Producent: Tokyo Institute of Technology
Adres strony: http://platanus.bio.titech.ac.jp/platanus-assembler/
Opiekun: Tak