Informacja o cookies

MOLPRO jest pakietem kwantowo-chemicznych, oferującym możliwość prowadzenia obliczeń z wykorzystaniem szerokiego zakresu metod teoretycznych, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych ab initio.

Główne cechy MOLPRO:

• pełny zakres metod ab initio
• moduły direct i local dla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Møller-Plesset
• zaimplementowane metody do analizy oddziaływań międzycząsteczkowych (SAPT oraz SAPT-DFT)
• zaimplementowane techniki obliczeniowe typu density-fitting (DF-HF, DF-KS, DF-LMP2, gradienty DF-LMP2, DF-LCCSD(T), DF-MP2-F12, DF-DFT-SAPT,  oraz GIAO-DF-HF NMR)
• możliwość generowania danych wsadowych dla Gaussiana, Moldena, formaty XYZ, oraz inne
• przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.)

Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90. Licencjonowaniem MOLPRO zajmuje się University College Cardiff Consultants Limited.

Skrypty obliczeniowe

SLURM

    
#!/bin/env bash
##### Amount of nodes requested by job
#SBATCH --nodes=1
##### Amount of tasks per node
#SBATCH --ntasks-per-node=1
##### Amount of CPUS per MPI task
#SBATCH --cpus-per-task=4
##### Wall time requested by job
#SBATCH --time=5
##### User mail for notification
#SBATCH --mail-type=END,FAIL,TIME_LIMIT_80
#SBATCH --mail-user=<user's mail>
##### Max amount of RAM requested by job per node
#SBATCH --mem=10gb
##### Partition name #SBATCH -p plgrid
##### Name of job in queuing system
#SBATCH -J nazwa_zadania
##### Name of computational grant used
#SBATCH -A <user's computational grant>

# Set environment for Molpro version 2015.1.11
module add plgrid/apps/molpro/2015.1.11

# Commands to start computations
molpro -d $SCRATCHDIR -W $SLURM_SUBMIT_DIR/wfu --single-helper-server input.inp
  

Skrypt ten na podstawie ustawień parametrów "--ntasks-per-node=" oraz --cpus-per-task= ustawiamy odpowiednio ilośc procesów MPI na węźle (każdy z nich może użyć całość pamięci RAM deklarowanej w pliku wejściowym Molpro - input.inp - parametrem "memory,xx") oraz ilość wątków OpenMP per proces MPI.

Zalecane ustawienia:

• należy wykorzystywać "--single-helper-server"
• umieszczać jak najwięcej procesów MPI na węzeł "--ntasks-per-node=" nawet kosztem niepełnego I/O podczas liczenia wzbudzeń potrójnych.
• resztę rdzeni na węźle wykorzystywać poprzez wątki OpenMP "--cpus-per-task="
• parametrem "-d" ustawiać szybki zasób dyskowy scratch (w przypadku klastra Prometheus poprzez zmienną $SCRATCHDIR)