Zgadzam się Nasza strona zapisuje niewielkie pliki tekstowe, nazywane ciasteczkami (ang. cookies) na Twoim urządzeniu w celu lepszego dostosowania treści oraz dla celów statystycznych. Możesz wyłączyć możliwość ich zapisu, zmieniając ustawienia Twojej przeglądarki. Korzystanie z naszej strony bez zmiany ustawień oznacza zgodę na przechowywanie cookies w Twoim urządzeniu.
FASTX-Toolkit jest zestawem narzędzi linii poleceń umożliwiających wstępne przetwarzanie zestawów krótkich odczytów (Short-Reads), w formacie FASTA/FASTQ.
Status: Aplikacja dostępna w ofercie, bez kontroli poprawności działania – nietestowana. Aplikacja ma przydzielonego opiekuna.
Nazwa modułu: plgrid/apps/fastxtoolkit
Stan aplikacji: Dostępna
Testowana: Nie
Data wprowadzenia do oferty: 1 grudnia 2014
Dziedziny: Genetyka
Adres strony: http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/
Opiekun: Tak
The FASTX-Toolkit is a collection of command line tools for Short-Reads FASTA/FASTQ files preprocessing.
Next-Generation sequencing machines usually produce FASTA or FASTQ files, containing multiple short-reads sequences (possibly with quality information).
The main processing of such FASTA/FASTQ files is mapping (aka aligning) the sequences to reference genomes or other databases using specialized programs. Example of such mapping programs are: Blat, SHRiMP, LastZ, MAQ and many many others.
However,
It is sometimes more productive to preprocess the FASTA/FASTQ files before mapping the sequences to the genome - manipulating the sequences to produce better mapping results.
The FASTX-Toolkit tools perform some of these preprocessing tasks.