Zgadzam się Nasza strona zapisuje niewielkie pliki tekstowe, nazywane ciasteczkami (ang. cookies) na Twoim urządzeniu w celu lepszego dostosowania treści oraz dla celów statystycznych. Możesz wyłączyć możliwość ich zapisu, zmieniając ustawienia Twojej przeglądarki. Korzystanie z naszej strony bez zmiany ustawień oznacza zgodę na przechowywanie cookies w Twoim urządzeniu.
short read genome assembler
Status: Aplikacja dostępna w ofercie, bez kontroli poprawności działania – nietestowana. Aplikacja ma przydzielonego opiekuna.
Nazwa modułu: plgrid/apps/allpathslg
Stan aplikacji: Dostępna
Testowana: Nie
Data wprowadzenia do oferty: 22 sierpnia 2015
Dziedziny: DNA de novo assembly
Producent: Broad Institute
Adres strony: http://www.broadinstitute.org/software/allpaths-lg/blog/
Opiekun: Tak
| Wersja | Szczegóły | Status |
|---|---|---|
| 52488 | Moduł: plgrid/apps/allpathslg/52488 |
The package provides the user with de novo assembly software for the whole-genome data sets. The software described here (ALLPATH-LG) replaces the old assembler ALLPATHS. The latest version works on both small and large (mammalian size) genomes. To use it, you should first generate ~100 base Illumina reads from two libraries: one from ~180 bp fragments, and one from ~3000 bp fragments, both at about 45x coverage.