Informacja o cookies
Zgadzam się Nasza strona zapisuje niewielkie pliki tekstowe, nazywane ciasteczkami (ang. cookies) na Twoim urządzeniu w celu lepszego dostosowania treści oraz dla celów statystycznych. Możesz wyłączyć możliwość ich zapisu, zmieniając ustawienia Twojej przeglądarki. Korzystanie z naszej strony bez zmiany ustawień oznacza zgodę na przechowywanie cookies w Twoim urządzeniu.
ADF
ADF (Amsterdam Density Functional) to program umożliwiający obliczenia kwantowochemiczne układów molekularnych z zastosowaniem teorii funkcjonałów gęstości (DFT). Jedną z jego unikalnych właściwości jest wykorzystywanie do obliczeń baz funkcyjnych opartych na funkcje typu Slatera (STO) zamiast powszechnie stosowanych baz zbudowanych z funkcji gaussowskich (GTO). Dodatkową zaletą pakietu są rozbudowane narzędzia graficzne umożliwiające zaawansowaną analizę wyników.
Status: Aplikacja dostępna częściowo – nie wszystkie wersje działają poprawnie. Działające wersje 16/23. Działające klastry 3/3. Aplikacja ma przydzielonego opiekuna.
Nazwa modułu: plgrid/apps/adf
Stan aplikacji: Dostępna
Testowana: Częściowo
Data wprowadzenia do oferty: 1 grudnia 2014
Dziedziny: Chemia, Chemia kwantowa
Tagi: Density Functional Theory, Modelowanie molekularne, STO, Teoria Funkcjonałów Gęstości
Licencja: Licencja własna ADF szczegóły »
Pełny opis licencji znajduje się na stronie http://www.scm.com/Sales/LicTerms.html
Producent: Scientific Computing & Modelling (SCM) NV
Adres strony: http://www.scm.com/Products/ADF.html
Opiekun: Tak
2014.01
Status: Aplikacja dostępna częściowo – nie wszystkie instancje działają poprawnie. Działające instancje 1/2. Aplikacja ma przydzielonego opiekuna.
Nazwa modułu: plgrid/apps/adf/2014.01
Stan wersji: Dostępna
Testowana: Tak
Data wprowadzenia do oferty: 1 grudnia 2014
Jeśli nie masz jeszcze konta, odwiedź stronę https://portal.plgrid.pl.
Zaloguj się
Skrypty obliczeniowe
SLURM
#!/bin/env bash
##### Amount of nodes requested by job
#SBATCH --nodes=1
##### Amount of tasks per node
#SBATCH --tasks-per-node=24
##### Wall time requested by job
#SBATCH --time=15:00
##### Max amount of RAM requested by job per cpu
#SBATCH --mem-per-cpu=4gb
##### Partition name
#SBATCH -p plgrid-testing
##### Name of job in queuing system
#SBATCH --job-name=adf.parallel
##### Name of computational grant used
#SBATCH -A <computational grant name>
echo "Computation started on work node: "; hostname
# Set environment for default ADF version
module add plgrid/apps/adf
# Information about temporary scratch directory
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR
# Commands to start computations
adf < input.in >& input.log
# Remove the scratch dir
rm -f $SCM_TMPDIRPBS
#!/bin/env bash
##### Max amount of RAM requested by job
#PBS -l mem=12gb
##### Amount of nodes=x:cores=y requested by job
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Wall time requested by job
#PBS -l walltime=15:00
##### Queue name
#PBS -q plgrid-testing
##### Name of job in queuing system
#PBS -N adf.parallel
##### Name of computational grant used
#PBS -A <computational grant name>
echo "Computation started on work node: "; hostname
# Set environment for default ADF version
module add plgrid/apps/adf
# Changing directory to one from which PBS script was stated (where inputs should be stored)
cd $PBS_O_WORKDIR
# Information about temporary scratch directory
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR
# Commands to start computations
adf < input.in >& input.log
# Remove the scratch dir
rm -f $SCM_TMPDIRStatus monitoringu
Jeśli nie masz jeszcze konta, odwiedź stronę https://portal.plgrid.pl.
Zaloguj się
Moduły domyślne w ścieżkach
Jeśli nie masz jeszcze konta, odwiedź stronę https://portal.plgrid.pl.
Zaloguj się